蛋白質分子量計算器

分類：生物學
- 2025年04月03日
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有效

蛋白質的分子量是通過其氨基酸殘基的平均同位素質量之和來計算的：

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

其中：

  • \(n_i\) = 序列中每種氨基酸的數量
  • \(MW_i\) = 每種氨基酸的分子量
  • \(n_{peptide}\) = 總肽鍵數量
  • \(MW_{H_2O}\) = 水分子的分子量（18.02 Da）

什麼是蛋白質分子量計算器？

蛋白質分子量計算器幫助根據其氨基酸序列或組成來確定蛋白質的分子量。它還計算其他屬性，如理論等電點（pI）、消光係數、疏水性（GRAVY分數）和pH 7時的淨電荷。

如何使用計算器

計算器提供多種輸入蛋白質數據的方法：

  • 序列方法：使用一字母氨基酸代碼輸入蛋白質序列。
  • 組成方法：手動輸入每種氨基酸的數量。
  • 高級選項：應用如乙酰化、二硫鍵或末端修飾等修改。

主要特點

  • 以道爾頓（Da）和千道爾頓（kDa）計算分子量。
  • 根據氨基酸的pKa值確定理論pI。
  • 計算280 nm下的紫外吸收消光係數。
  • 使用GRAVY分數估算疏水性。
  • 考慮自定義修改，如磷酸化、甲基化和酰胺化。

為什麼蛋白質分子量重要？

了解蛋白質的分子量對於以下方面至關重要：

  • 電泳分析（SDS-PAGE，西方印跡）。
  • 質譜識別。
  • 蛋白質純化和色譜。
  • 結構和功能研究。

常見問題

理論pI是如何計算的？

等電點（pI）是蛋白質沒有淨電荷的pH。它是使用亨德森-哈塞爾巴赫方程計算的：

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

什麼是消光係數？

消光係數是通過色氨酸（W）、酪氨酸（Y）和半胱氨酸（C）殘基的數量計算的：

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

計算器如何處理修改？

計算器允許您應用各種翻譯後修改，這些修改會加到或從蛋白質的分子量中減去。

什麼是GRAVY分數？

疏水性總平均（GRAVY）分數是蛋白質疏水性的度量。它的計算公式為：

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

為什麼計算中包括水分子？

每形成一個肽鍵會導致一個水分子的損失，因此總質量會相應調整。

結論

蛋白質分子量計算器是生物化學和分子生物學研究人員和學生的寶貴工具。無論是分析蛋白質結構、進行實驗還是解釋結果，這個工具都能快速準確地提供必要的分子屬性。